Селото Ботун се наоѓа во Општина Дебарца, во областа Дебарца, во околината на градот Охрид, сместено помеѓу Илинска и Славеј Планина. Селото влегува во рамките на проширената Општина Дебарца, која настанала со спојување на поранешните општини Белчишта и Мешеишта по новата територијална поделба на Македонија во 2004 година. Во периодот од 1996-2004 година, селото припаѓало на некогашната Општина Белчишта.Во периодот од 1965 до 1996 година, селото се наоѓало во рамките на големата општина Охрид. Во периодот од 1955 до 1965 година, селото припаѓало на некогашната Општина Белчишта. Од 1952-1955, селото било во рамките на тогашната Општина Белчишта( во која покрај селото Ботун, се наоѓале и селата Белчишта, Брежани, Велмеј, Горно Средоречие, Грко Поле, Долно Средоречие, Злести, Лешани, Ново Село, Песочани и Црвена Вода). Во периодот 1950-1952 година, селото Ботун се наоѓало во некогашната Општина Ново Село( во која влегувале селата Ботун, Ново Село, Песочани и Црвена Вода).
Најблиско село е Злести. Атарот на селото Ботун граничи со атарите на селата: од север Црвена Вода и Ново Село, од исток со Белчишта и Злести, од југ со Климештани и Мешеишта, и од запад со Делагожди и Корошишта/Џепин. Ова село представува средна населба.
Селото е рамничарско-ридско, при што куќите во селото се наоѓаат на височина од 740 до 800 метри. Од градот Охрид е оддалечено 24 километри. Атарот зафаќа површина од 12,5 км², од кој обработливото земјиште зазема површина од 381,1 хектар (ha), пасиштата заземаат 45,5 ha, а шумите имаат најголема површина од 757,2 ha.
Селото Ботун за прв пат се спомнува во пописниот дефтер од 1582 година, кога припаѓало на Охридскиот санџак, нахија Дебарца, но старото село пропаднало и денешното село го обновиле доселеници од околните раселени села, и од исто така раселениот град Закамен. Во 19 век, Ботун се наоѓало во Охридската каза, нахија Дебарца, во Отоманското Царство.
Според некои податоци во селото Ботун во 1900 г. Живееле 370 жители, сите Македонци христијани.Во 1905 г. бројот на жители е 400, а во 1961 бројот е зголем на 526 жители, но само за триесеттина години нивниот број значително се намалил и во 1994 г. Имало 212 жители.Во 2002 година во селото Ботун живееле 227 жители, од кои 220 Македонци, 3 Срби и 4 други.
Селото има поледелско-шумска функција. Околу него има доста шума, додека пасишта има многу малку. Местата околу атарот ги носат следните имиња: Горна тумба, Јовчиница, Савра, Копрница, Кучков рид, Волковија, Умишта, Каленик, Присој, Манастирец, Калуѓеров дол, Калуѓерка (река), Вели врв (1.053 м), Бела вода, Стрмна краста (1.173 м).
Селото е со куќи од збиен тип, и има Горно, Средно и Долно маало. Ботун е македонско православно село. Родовите во селото се староседелски, односно живееле во сега веќе раселените села, кои постоеле во атарот на селото. Доселеничките родови пак потекнуваат од градот Закамен, струшка Малесија, а само еден род не го знае местото на старина.
Според некои постари истражувања родови во Ботун се : Мацевци, Ничевци, Јордановци и Гроздановци – доселени се од градот Закамен; Костевци , Апостоловци, Трпковци, Карафиловци или Димовци, Ѓуровци и Јоновци – доселени се од сега раселеното село Старо Село, кое се наоѓало на границата меѓу селата Мешеишта и Ботун; Голикрстевци – доселени се од раселеното село Пусти Куќи, кое се наоѓало во атарот на селото Ботун; Митревци -доселени се, но не знаат од каде се доселени.
Според други истаживања во 1948г.родови во с.Ботун се:
- Староседелци: Николевци и Митревци
- Доселеници: Карафиловци ( доселени се во средината на XVIII век од раселеното село Старо Село, кое се наоѓало на реката Сатеска пониско од Ботун); Апостоловци , се делат на Волкановци и Димовци( и тие се доселени од Старо Село); Петревци (се делат на Ничевци, Гроздановци и Мацевци. Доселени се од раселениот град Закамен, Малесија);Несторовци (доселени се во 1936 година од селото Црвена Вода) и Крстановци ( доселени се во 1938 година од селото Црвена Вода)
Село Ботун има основно училиште до V одд-подрачно училиште на ОУ „Дебрца“ – Белчишта.
Ова село е богато со цркви и манстири .Цркви во село Ботун се: Црква „Св. Богородица“ — изградена во 1871 година; Црква „Св. Архангел Михаил“ — изградена во 1974 година; Црква „Св. Богородица“ — изградена во 1991 година како манастирска црква на новиот манастир.
Манастири: Ботунски манастир — новоизграден манастир над селото;
Како редовен настан е во Ботун е нивната селска слава по повод празникот Голема Богородица на 28 ми Август.
Во Ботун постои и фудбалскиот клуб ФК Ботун.
Од ова село има ислени родови и по другите села. Во Ново Село е иселен родот Таневци, во Долно Средоречје е иселен родот Ботунци или Мацевци, во Горно Средоречие се иселени родовите Настевци и Савевци, сите овие родови се иселени пред дваесеттите години на XX век. После Втората светска војна иселеници најмногу имало во Охрид , Скопје, помалку се иселени во Битола, Струга, селото Мусинци и во банатското село Јабука.
Од родовите поединечно се знае за следните иселеници до 1948: од Николевци иселеници има во Глогоњ, Војводина; од Митревци иселеници има во Гостивар; Охрид и во Средна Америка; од Карафиловци иселеници има во Охрид и во Злести; од Петревци иселеници има во Охрид .